本系负责食品科学与工程本科专业的专业建设与人才培养、食品科学与工程学科的学科建设与硕士、博士研究生培养以及本领域的科学研究工作。成立于1983年，现有教师47人，其中教授10人，副教授24人，具有博士学位教师比例达100%，拥有半年以上海外研修经历的教师比例达68%，专业还拥有海外兼职教授6人。教师队伍中荣获长江学者、国家万人等省级以上荣誉50人次。拥有食品科学与工程博士后流动站、食品科学与工程博士学位授权一级学科、江苏省农产品生物加工与分离工程技术研究中心、国家农产品加工装备研发分中心、中央与地方共建“食品质量与安全实验室”和“食品与生物工程实验室”、江苏省高校实验教学示范中心建设点“食品与生物工程实验中心”，实验室面积达7000平方米，实验仪器设备价值5000余万元。

本系承担的《食品加工机械与设备》课程被评为国家一流课程、国家级精品课程、江苏省精品课程，《现代食品检测技术》课程被评为国家精品课程、江苏省精品课程，《食品工程原理》课程被评为江苏省在线开放课程，《创造学基础》课程被评为江苏省一类优秀课程，《食品化学》、《食品工艺学》、《生物化学》等课程被评为校级精品课程。专业的特色为“厚食品科学理论、强工程实践能力、通世界前沿技术”，通过专业学习让学生掌握食品科学与工程理论、技术、管理及相关科学研究的基本技能训练，培养具有较好的人文社会科学素养，适应社会经济发展的需要的专业人才。

目前，食品科学与工程本科专业正在向国际化品牌专业迈进，于2010年与英国利兹大学合作，举办2+2食品科学与工程国际课程实验班；2018年与新加坡国立大学签署食品科学与工程专业3+1+1合作办学协议，并已培养11人。2020年与联合国工业发展组织签署协议，开展联合培训、实习交流等合作。

食品科学与工程学科在教育部第四轮学科评估中获评为B⁺学科，并列该学科全国第八。本专业于2016年和2019年连续两次通过工程教育认证，并与2019年入选首批国家一流建设专业。近三年，本专业毕业生就业情况良好，就业率达97%以上，考研录取率达30%以上，毕业生分布于各类食品企业以及有关公司、科研单位、管理部门或高等院校从事管理、研究、开发、设计、营销和教学等岗位。